反滲透涉及一個離子排除過程(ionicexclusion process)。只有溶劑能夠通過半透膜(反滲透膜),而所有的離子以及溶解性分子(包括各種鹽和糖分)被截留。這種反滲透膜對鹽(離子)的截流是通過電荷反應現象(charge phenomena action)實現的,帶電量越大,截流率越大。因此膜可以強烈的(>99%)截留多價離子,而對單價離子——比如鈉——只能截流95%。
基于這樣的原理,在反滲透膜開始工作的一段時間,離子根本就無法截流。這時的產水離子含量很大,我們為此提供一個轉向閥,自動把這部分水排出到廢水池,直到水質達到可以接受的水平才收集產水。
因此,盡管反滲透膜孔徑只有100道爾頓,但是它仍能夠去除小于100道爾頓的離子。